Au CHU de Lyon, une équipe de médecins emmenée par un chirurgien, le Dr Morel-Journel, prend en charge des patients qui demandent à changer de sexe. 
Pier, Léo, Valérie, dévoilent chacun à leur manière cette nécessaire transition et les bouleversements engendrés sur leur vie. Dans le même temps, les médecins s’interrogent sur la spécificité de ce trouble de l’identité et sur leur légitimité à agir.
Des trajectoires singulières, dans une société où les genres sont strictement codifiés. Dans le même temps, les médecins s’interrogent sur la spécificité de ce trouble de l’identité, leur légitimité à agir et l’évolution de la perception du transsexualisme dans la société. La prise en charge médicale du transsexualisme comme point de départ, ce documentaire questionne une problématique d’identité complexe, qui nous bouscule et nous interroge sur les fondements de nos stéréotypes sexuels.